A história conta das aventuras dos dois irmãos de criação que vivem na cidade de Danville, que estão em suas férias, e como geralmente não tem não nada para fazer, inventam uma coisa diferente para fazer, como criar um monstro, construir uma montanha-russa gigante, visitar a lua ou, até mesmo, projetar um show de rock, tudo isso durante seus três meses de férias.
A irmã Candace, está sempre tentando dedurar os irmãos para a mãe, e as vezes para o pai, mas não consegue, pois Perry o ornitorrinco (que sempre some, e aparece no final do episódio) tem a missão de derrotar o Dr. Heinz Doofenshmirtz e a briga dos dois acaba destruindo as invenções de Phineas e Ferb. Outra personagem é Isabella, uma escoteira que é apaixonada por Phineas. Outro amigo é o Buford, um implicante que só se dá bem com seu amigo Beef, cuja única aparição foi em "Viagem ao interior do Buford" e também o Baljeet que sempre aparecem nas muitas aventuras de Phineas e Ferb.
Temos também os "parceiros" de Perry, durante suas missões, como o "Major Monograma" (seu chefe), "Carl, o Estagiário" (agente estagiário), "Agente A" (Agente Águia, cuja única apresentação foi em "A Balada do Barbademau"), "Agente 000" (Agente humano cujo ajudou Perry no episódio "Elementar, minha cara Stacy"), "Agente G e Agente C" (Agente Galinha e Agente Cachorro cuja única apresentação foi em "A Câmara de Trânsito") e "Agente B" (Agente Baleia, cuja única apresentação foi em "Férias no Hawaii - Parte 2"
